ปัญหาในสเปนที่กล่าวไปแล้วในตอนต้นว่า แต่ละแคว้นในสเปนไม่ได้มีเอกภาพที่แท้จริง นับแต่การรวมชาติสเปน ในสมัยของกษัตริย์คาทอลิก ในปี 1469 โดยเฉพาะปัญหาของอภิสิทธิ์ชน ในแคว้น คาทาโลเนีย ซึ่งเป็นปัญหาใหญ่ที่พระองค์ต้องประสบตลอดรัชสมัย และมันจะทำให้เกิดกบฏคอมมูนขึ้นในปี 1524

ซึ่งพระองค์พยายามเรียกร้องทหารมาจากแคว้นอรากอน แต่ไม่ได้ผล แคว้นอรากอนไม่ส่งอะไรมาช่วยพระองค์เลย ทำให้พระองค์ตัดสินใจใช้ทหารจากคาสติล และ โลว์แลนด์ มาปราบปรามกบฏคอมมูนในคาทาโลเนีย และ แคว้นบาสก์ อย่างเด็ดขาด แต่กบฏคอมมูนนี้จะส่งผลกับสเปนดังนี้

1.  แคว้นคาสติลต้องแบกรับภาระหนักในเรื่อง ภาษี และ กองทหาร ซึ่งกว่าจะแก้ไขได้สำเร็จต้องรอไปจนถึง รัชสมัย พระเจ้าฟิลิเปที่ 5 ปฐมกษัตริย์ราชวงศ์บูร์บอง ในสเปน

2.  แคว้นต่างๆยังคงอำนาจของ Fueros ได้ต่อไป ทำให้สร้างปัญหาในการปกครองให้กับพระองค์

ดังนั้น พระองค์จึงไม่ค่อยอยู่ที่สเปน พระองค์กลับไปอยู่ที่ เบอร์กันดีเป็นหลักมากกว่า